A Comunidade de Capoeiras foi atendida, primeiramente, pelos Padres Franciscanos da Paróquia de São José. Em 1939, Frei Felisberto Imhorst OFM, Vigário de São José, adquiria uma área de terras, fazendo frente para a estrada que segue para a sede do distrito de João Pessoa (hoje Estreito), para a construção de uma Capela.
A pedra fundamental foi benzida pelo mesmo Frei Felisberto, no mês de julho de 1939, sendo o templo inaugurado no dia 19 de setembro de 1943.
Com a criação da Paróquia de Nossa Senhora de Fátima e Santa Teresinha do Menino Jesus, do Estreito, em 1944, seu território integrou o desta Paróquia.
Um Decreto da Cúria Metropolitano, assinado por Dom Afonso Niehues a 1º de maio de 1967, criou a Paróquia de São João Batista e Santa Luzia, no Bairro de Capoeiras, Município de Florianópolis. O território da nova Paróquia foi totalmente desmembrado da Paróquia de Nossa Senhora de Fátima e Santa Teresinha do Menino Jesus, do Estreito, sendo o atendimento pastoral dos fiéis confiado aos Padres da Congregação de Dom Orione (Orionitas), assumindo como primeiro Pároco, Pe. Fernando Maria Campos Taitson ODO.
Como a Igreja Matriz estava localizada de frente para a Rua Geral, com um enorme movimento de veículos, perturbando as cerimônias litúrgicas, além de ser pequena para o número de fiéis, providenciou-se a aquisição de um outro terreno, mais afastado da rua geral, onde se pudesse construir um templo mais amplo. A 08 de março de 1981, com a presença do Sr. Arcebispo Metropolitano e grande número de fiéis, foi lançada a pedra fundamental da nova Igreja Matriz, cujo projeto arquitetônico foi doação do Engenheiro José Sprícigo.
A inauguração do novo e amplo templo aconteceu no dia 26 de junho de 1983. Os Padres Orionitas, à frente da Paróquia, nunca perderam de vista o principal objetivo de sua Congregação: o atendimento preferencial aos abandonados. Assim, diversas iniciativas de atendimento à população menos favorecida tiveram seu início e andamento na Paróquia. O obra de maior destaque que teve aqui sua semente plantada, foi a "Orionópolis Catarinense", uma iniciativa do então Pároco Pe. Jací da Rocha Gonçalves. A Orionópolis hoje tem sua sede na Paróquia de São José, em um imóvel doado à instituição através da Mitra Metropolitana e por inerveniência de Pe. Pedro Koehler, por Dona Maria Alves de Sá Matos.
A Congregação Orionita criou e mantém, anexa à Paróquia, as "Obras de Assistência Social Dom Orione", prestando assistência, principalmente a menores carentes e idosos.
No dia 10 de fevereiro de 2010, a paróquia foi assumida pelos Padres Diocesanos, ligados diretamente a Arquidiocese de Florianópolis. Tendo como 1º Pároco: Padre Valdir Bernardo Prim